Virgin Express venne fondata nel 1992 dal gruppo City Hotel con il nome di EuroBelgian Airlines (EBA), inizialmente come compagnia di voli charter. I primi voli di linea risalgono al Novembre 1994. Con l’acquisizione di EBA da parte del gruppo Virgin nell’aprile 1996, la compagnia venne ribattezzata Virgin Express.

Nel 1993, la compagnia ha accelerato lo spostamento del servizio charter a quello di linea. Virgin express ha inoltre deciso di terminare il contratto per la fornitura di servizi charter a Thomas Cook (ex gruppo NUR). La Compagnia è attualmente focalizzata sul servizio di linea, ma continua ad effettuare un ristretto numero di voli charter ad hoc ed alcuni voli in accordo con diversi tour operator.